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Covid-19 : les caractéristiques de la 2ème vague révélées par le bulletin de Santé Publique France

Le dernier bulletin de Santé publique France (SpF) recèle une foule de nouvelles données. On y voit notamment que les enfants de moins de 15 ans sont davantage touchés qu’auparavant par le virus. Peu de certitudes encore face aux interrogations soulevées par le variant sud-africain.

Que ce soit le taux d’incidence ou le taux de positivité, ils relèvent tous le nez depuis fin décembre, avec une accélération entre la 3ème et la 4ème semaine de janvier, +54% de cas, contre 39% la semaine précédente. Plusieurs hypothèses à cela. La circulation du variant Sud-Africain en est une.

Le gouvernement sud-africain signalait, le 18 décembre, l’émergence d’un variant désigné 501Y.V2. Les séquençages génétiques indiquent sa présence en Afrique du Sud depuis novembre. Il a été identifié dans 40 pays selon l’OMS dont plusieurs voisins de Mayotte tels que l’Union des Comores ou le Mozambique.

Ce variant soulève beaucoup de questions : sollicite-t-il la même réponse immunitaire que le virus souche de départ ? Y a-t-il des risques de réinfection pour les personnes qui ont été Covid+ ? Ou encore la question sur « la perte d’efficacité des vaccins », souligne SpF. « De nouvelles études doivent être menées pour déterminer les caractéristiques génétiques, immunologiques, cliniques et épidémiologiques des variants du Sars-Cov-2 ». Un protocole de séquençage est d’ailleurs actuellement en vigueur, en lien avec le Centre National de Référence des virus respiratoires en métropole. A Mayotte, « entre le 5 et le 15 janvier 2021, 295 échantillons ont été séquencés et le variant Sud-Africain a été identifié sur 77 d’entre eux », soit 26%.

Les autres causes possibles de la circulation accrue du virus sont la tenue de rassemblements (fêtes privées, cérémonies), et le relâchement dans l’application des mesures barrières, y compris en milieu professionnel.

Plus on teste, plus on trouve d’asymptomatiques

Santé publique France l’assure : pour chaque cas, les recherches partent dans deux directions : premièrement, l’origine de la contamination, jusqu’à « 14 jours avant l’apparition des premiers signes cliniques », (notons que c’est une recherche que peuvent aussi faire les malades eux-mêmes ), et dans un 2ème temps, les cas contact sont recherchés, avec un dépistage sans délai pour les personnes d’un même foyer, et dans un délai de 5 à 7 jours suivant la date du dernier contact pour les personnes hors milieu familial.

Covid, Santé Publique France, Mayotte, Variant sud-africain
De jour en jour, allongement de la file d’attente pour le dépistage à la pharmacie Ylang de Kawéni

Première originalité de cette 2ème vague plus puissante que la 1ère à Mayotte : le nombre de cas symptomatiques qui était supérieur à celui des asymptomatiques, ne l’est plus : « Cette tendance s’est inversée fin janvier, avec 22% de plus de cas asymptomatiques que de cas symptomatiques. » Plusieurs explications à cela : face à l’accroissement du nombre de cas, davantage de personnes contacts ont été dépistées, la plupart du temps asymptomatiques, mais aussi la mise en place de campagne de dépistage par territoire, ou encore les tests systématiques pour les voyageurs, légaux et illégaux.

De manière générale, l’accroissement du nombre de cas est à mettre en lien avec ce renforcement du dépistage, les deux courbes mises côte à côte l’expliquent d’elles-mêmes pour les plus de 65 ans.

Deux fois plus d’hommes que de femmes en réa

Autre évolution notable : les enfants de moins de 15 ans sont davantage touchés : « Pour la première fois depuis le début de l’épidémie, depuis la 3ème semaine de janvier, les enfants âgées de moins de 15 ans présentent un taux d’incidence supérieur au seuil d’alerte de 50 cas pour 100.000 habitant.

Logiquement, davantage de clusters sont enregistrés entre décembre 2020 et février 2021, un tiers des 133 depuis le début de l’épidémie. Étonnamment ces 133 clusters ne sont pas les plus gros fournisseurs de cas Covid, 15% des cas totaux. Ils sont à prés de 50% le fait d’entreprises publiques et privées (hors établissements de santé), 21% d’associations, 17% de milieu familial et 5% de milieux scolaire et universitaire. « L’identification de cluster devient de plus en plus difficile, explique SpF, lié à l’explosion du nombre de cas », qui complique le contact-tracing.

Les asymptomatiques sont 22% plus nombreux

Du côté des hospitalisations, l’admission après un passage aux urgences est dix fois plus importantes fin janvier que la semaine qui précédait, 42% contre 4%. Depuis le 13 mars 2020, 759 patients avec un diagnostic de COVID-19 ont été hospitalisés au CHM, 633 sont retournés à domicile, 47 patients sont décédés, 79 sont toujours hospitalisés au CHM. Et depuis cette date du début de l’épidémie à Mayotte, 131 patients ont été admis en réanimation avec un diagnostic de COVID-19, dont deux fois plus d’hommes, 87, que de femmes, 43. L’âge médian était de 54 ans et 60% avaient moins de 60 ans. Il s’agissait de 119 adultes et 12 enfants. Parmi ces patients, plus de la moitié ont présenté une forme pulmonaire du COVID-19 (63%).

Sur la période de la 2ème vague, entre le 1er janvier 2020 et le 3 février 2021, 27 patients ont été admis en réanimation avec un diagnostic de COVID-19 soit 20% de l’ensemble des cas admis sur toute la durée de l’épidémie.

Enfin, depuis le début de l’épidémie, 62 décès de patients infectés notamment par le SARS-Cov2 ont été répertoriés : 47 au CHM (dont 29 en réanimation et 17 en médecine), 8 décès à domicile, 5 décès en milieu hospitalier à La Réunion suite à des évacuations sanitaires et 2 décès sur la voie publique.

Face à ce virus, il semble que les autres épidémies battent en retraite puisque les autorités sanitaires notent une absence de circulation des virus grippaux et de bronchiolite sur le département de Mayotte, comme dans la plupart des régions métropolitaines et outre-mer.

Consulter le Bulletin SpF du 4 février 2021

Anne Perzo-Lafond

Anne Perzohttps://lejournaldemayotte.yt
Anne PERZO Le journal de Mayotte https://lejournaldemayotte.yt

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